基本モデルではSPI通信を使って（6ピンのフラットケーブル）
スタート命令とストップ命令を伝えています。
また、制御器のデバッグ情報もこのSPI通信によって得られています。
SPI通信ではマスター（計測器）とスレーブ（制御器）に
設定して通信しており、スレーブ側のSSがLowになったときに、
クロックに従ってデータを送受信する仕組みになっています
ところが現在の基本モデルでは、制御器のPB2(SS)ピンが
何も接続されていない状態になっています。
そのためPB2（SS）ピンがハイインピーダンスとなりHighとも
Lowともとれない不安定な現象がでることが予測されます
制御器のAVRマイコンから出ているPB2（基板の端にスルーホールがあります）
をGNDへ接続することにより対策できますので、是非試してみてください。
この情報は競技者の方よりご指摘を受けました。
ありがとうございます